Trích ly là gì? Các công bố khoa học về Trích ly

Một hình thức độc đáo mới về liên kết tài liệu gọi là đồng trích dẫn được định nghĩa là tần suất mà hai tài liệu được trích dẫn cùng nhau. Tần suất đồng trích dẫn của hai bài báo khoa học có thể được xác định bằng cách so sánh danh sách tài liệu trích dẫn trong Chỉ số Trích dẫn Khoa học và đếm các mục trùng nhau. Các mạng lưới các bài báo đồng trích dẫn có thể được tạo ra cho các chuyên ngành khoa học cụ thể, và một ví dụ được rút ra từ tài liệu vật lý hạt. Các mẫu đồng trích dẫn được cho thấy khác biệt đáng kể so với các mẫu liên kết thư mục, nhưng nhìn chung phù hợp với các mẫu trích dẫn trực tiếp. Các cụm bài báo được đồng trích dẫn cung cấp một cách tiếp cận mới để nghiên cứu cấu trúc chuyên ngành của khoa học. Chúng có thể cung cấp một cách tiếp cận mới cho lập mục lục và tạo các hồ sơ SDI.

Hành động hạn chế của papain trên các dạng tự nhiên của hai cellobiohydrolase (CBH) từ Trichoderma reesei (CBH I, 65 kDa, và CBH II, 58 kDa) dẫn đến sự tách biệt các mảnh lõi tương ứng (56 kDa và 45 kDa) hoàn toàn hoạt động trên các chất nền nhỏ, tan trong nước, nhưng có hoạt động giảm mạnh (tương ứng là 10% và 50% của giá trị ban đầu) trên cellulose vi tinh thể (Avicel).

Bằng cách định phân một phần ở C-terminus của lõi CBH I và ở N-terminus của lõi CBH II, các vị trí cắt của papain đã được xác định trong các cấu trúc chính (khoảng tại vị trí 431 và 82 tương ứng). Hành động hạn chế này của papain trên các enzyme tự nhiên chỉ ra sự hiện diện của các vùng bản lề nối lõi với các glycopeptide tận cùng. Các chuỗi bảo tồn này xuất hiện ở C hoặc N-terminus của một số enzyme cellulolytic từ Trichoderma reesei [Teeri et al. (1987) Gene 51, 43–52].

Các hoạt động cụ thể của các enzyme nguyên vẹn và các lõi của chúng trên hai dạng cellulose không tan (tinh thể, vô định hình) phân biệt CBH I và CBH II về mặt tính chất hấp phụ và tính chất xúc tác. Các chức năng khác nhau có thể được gán cho các peptide tận cùng: đối với CBH II nguyên vẹn, vùng N-terminus góp phần vào việc liên kết với cả hai loại cellulose; peptide C-terminus đồng hình trong CBH I, tuy nhiên, chỉ ảnh hưởng đến tương tác với cellulose vi tinh thể. Có thể suy luận rằng CBH I và lõi của nó liên kết ưu tiên với các vùng tinh thể. Điều này dường như được xác nhận bởi các kết quả thí nghiệm hỗn hợp CBH I/CBH II.

Nấm sợi thuộc phức hợp loài Fusarium graminearum (phức hợp Fg) là tác nhân sinh học chính gây bệnh mốc đầu bông (scab) trên lúa mì và lúa mạch. Bệnh scab là một bệnh thực vật có sức tàn phá lớn về mặt kinh tế, giới hạn nghiêm trọng đến sản lượng và chất lượng ngũ cốc. Ngoài ra, ngũ cốc bị nhiễm mốc thường bị ô nhiễm với các mycotoxin trichothecene hoạt động như những yếu tố gây bệnh trên một số vật chủ, và đặt ra mối đe dọa nghiêm trọng đối với sức khỏe động vật và an toàn thực phẩm. Sự khác biệt đặc trưng theo chủng trong hồ sơ các hợp chất trichothecene (hóa tính) không tương quan tốt với phả hệ phức hợp Fg dựa trên sự đồng thuận di truyền tại sáu gen nhân đơn bản. Để kiểm tra cơ sở của sự bất đồng này giữa loài và tiến hóa độc tố, một vùng 19-kb của cụm gen trichothecene đã được phiên giải ở 39 chủng đại diện cho sự đa dạng di truyền toàn cầu của các loài trong phức hợp Fg và bốn loài liên quan của Fusarium. Phân tích phả hệ cho thấy đa hình trong các gen liên quan đến khả năng gây bệnh này là xuyên loài và có vẻ đã được duy trì qua cân bằng chọn lọc hoạt động trên sự khác biệt hóa tính bắt nguồn từ tổ tiên của nhóm quan trọng này của nấm gây bệnh thực vật. Sự khác biệt đặc trưng hóa tính trong hạn chế chọn lọc và bằng chứng của tiến hóa thích ứng trong các gen trichothecene cũng được báo cáo.

Quá trình chuyển đổi cellulose bằng enzym được xúc tác bởi hệ thống enzym đa dạng. Hệ thống enzym Trichoderma đã được nghiên cứu một cách sâu rộng và có hoạt tính β-glucosidase (EC 3.2.1.21) không đủ cho việc sacchar hóa cellulose thực tiễn. Các loài nấm aspergillus đen (A. niger và A. phoenicis) là những nhà sản xuất β-glucosidase vượt trội và một phương pháp sản xuất enzym này trong môi trường lỏng được trình bày. Khi các chế phẩm cellulase của Trichoderma được bổ sung β-glucosidase từ Aspergillus trong quá trình sacchar hóa thực tiễn, glucose là sản phẩm chủ yếu và tốc độ sacchar hóa được tăng đáng kể. Hiệu ứng kích thích của β-glucosidase dường như là do sự loại bỏ các mức độ ức chế của cellobiose.

Các phân tích hệ phylogenetic phân tử, chủ yếu dựa trên RNA ribosomal, cho thấy ba dòng protist amitochondriate, diplomonads, microsporidia và trichomonads, xuất hiện nhất quán tại gốc cây eukaryotic trước các nhóm có ty thể. Điều này gợi ý rằng các nhóm này có thể đã phân li trước sự endosymbiosis của ty thể. Tuy nhiên, vì tất cả các sinh vật này sống trong môi trường kỵ khí, sự vắng mặt của ty thể có thể là do mất mát thứ cấp, như đã được chứng minh đối với eukaryote xuất hiện sau Entamoeba histolytica. Chúng tôi đã tách chiết một gen từ Trichomonas vaginalis mã hóa một protein chaperone (HSP70) mà trong các dòng khác được gửi đến khoang ty thể. Sự tái cấu trúc hệ phylogenetic đã rõ ràng xác định HSP70 này nằm trong một tập hợp lớn các chuỗi ty thể, mà chính nó là một nhóm chị em của vi khuẩn α-purple. Ngoài ra, protein T. vaginalis thể hiện chữ ký chuỗi GDAWV, cho đến nay chỉ được tìm thấy độc quyền trong HSP70 của ty thể và trong proteobacterial dnaK. Do đó, sự endosymbiosis ty thể có thể đã xảy ra sớm hơn so với giả định trước đây. Các bào quan có màng đôi của trichomonad, hydrogenosome, có thể đã tiến hóa từ các ty thể.